1 人体解剖与组织胚胎学
“人体解剖与组织胚胎学”是“基础医学”一级学科的二级学科，本学科是研究人体各器官、组织正常形态结构、组织微细结构以及人体胚胎发展规律的学科，是医学科学中一门重要的基础课程，属生物科学形态学范畴。该学科的进步和发展对医学各学科领域的发展起着极其重要的推进作用。
2 免疫学
免疫学是一门重要的基础医学学科，它的主要任务是：研究免疫系统的结构与功能，理解其对机体有益的防卫功能和有害的病理作用及其机制;以发展有效的免疫学措施，实现防病、治病的目的。相关学科尤其是分子生物学技术的发展，推动了免疫学分子水平、基因水平的研究，使免疫学进展迅速，同时免疫学渗透到其他学科，形成了诸如生殖免疫学、免疫遗传学等交叉学科。
3 病原生物学
病原生物学是研究与疾病有关的微生物(包括病毒、细菌、立克次体、衣原体等)和寄生虫(包括原虫、蠕虫、医学节肢动物)的生物学规律、致病机理及其与宿主之间相互作用的科学，是基础医学中极为重要的学科。随着社会经济的发展、东西方文化的交流、人类生活的改善和行为方式的改变以及环境、气候的变化，人类感染性疾病的“病原谱”也发生了重大变化，加上病原体对抗生素耐药性的产生和新的病原体因子的发现，人类仍面临着与病原生物斗争的严峻挑战。
4 病理学与病理生理学
病理学与病理生理学隶属于基础医学一级学科，是研究人体疾病发生、发展规律的科学。其任务是按照现代医学模式应用各种方法研究疾病的病因、发病机制、患病机体的功能代谢和形态结构的变化，为疾病诊断、治疗和临床护理提供科学的理论基础。
5 法医学
法医学是应用医学及其他自然科学的理论与方法，研究并解决立法、侦查、审判实践中涉及的医学问题的一门科学。法医学是一门应用医学，又是法学的一个分支。
法医学为制定法律提供依据，为侦查、审判提供科学证据，是联结医学与法学的一门交叉科学。
6 放射医学
“放射医学”是“基础医学”一级学科的二级学科，本学科是研究电离辐射对机体的生物效应及其防护的边缘交叉学科。
7 航空、航天与航海医学
“航空、航天与航海医学”是“基础医学”一级学科的二级学科，本学科是研究和解决在航空、航天、航海与水下特殊环境所出现的各种医学问题,以保障作业人员与乘员的安全、健康、舒适与工作能力的一门学科。
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