2000年11月，原国际政治系改建为国际关系与公共事务学院，下设国际政治、政治学以及公共行政三系，2009年又增设外交学系。新国际政治系继承了老国际政治系的名称和优良传统，目前拥有国际关系这一全国重点学科，以及教育部“211工程“重点建设项目“国际关系和全球问题“，学术地位在国内位居前茅。
该系现有21位教师，其中教授7名，副教授10名，讲师4名,其中有19人具有国内外博士学位。该系设有国际关系博士点、国际关系硕士点、国际政治硕士点各一，以及国际政治本科专业。
该系的主要研究方向包括：国际关系理论、大国战略和大国关系、中国对外战略和对外关系、亚太地区国际关系、欧洲一体化研究、宗教与当代国际关系及国家安全、金砖和新兴国家、军备控制与地区安全、全球化与全球问题等。1995年以来承担国家社科、教育部和上海市社会科学研究课题20余项，其中包括国家九五重点建设项目、国家社科基金重大项目、教育部重大课题攻关项目“当代西方国际关系理论评介”、“建设有中国特色社会主义的国际环境”、“宗教对当代国际关系的影响”、“宗教与中国国家安全研究”、“国际体系的变革与中国的国际秩序观”等6项。该系教师承担本科、硕士、博士研究生课程50余门。
该系拥有上海高校智库宗教与中国国家安全研究中心和复旦大学金砖国家研究中心等市级和校级研究机构，举办《复旦国际关系评论》（与本院外交系合办）、《宗教与美国社会》（与本校美国研究中心合办）、《基督教学术》（与本校哲学学院合办）三种CSSCI来源集刊。
近年来该系主办的国内外学术会议和相关活动包括：“当代国际关系中的国家主权学术研讨会“、“全国国际关系理论研讨会“、“中日面向21世纪的国际政治学研讨会“、“亚太金融合作与国际关系国际研讨会“、“中国宗教走出去战略高层论坛”、“抗日战争与中美关系珍贵文物展”等。
关于该系的详情可参见复旦大学国际关系与公共事务学院国际政治系编：《半个世纪的足迹——复旦大学国际政治系建系五十周年纪念文集》，复旦大学出版社2014年版。
