计算机软件与理论硕士点自2000年开始招收硕士学位研究生，目前本学科主要研究方向有：软件工程设计理论与方法、信息系统与数据库、遗传算法、虚拟现实。
软件工程设计理论与方法方向主要研究内容：
（1）软件测试技术。基于状态转换图、有限状态机理论及对象动态测试模型研究类测试技术；针对面向对象软件测试技术的特点，利用层次划分、边控制域等概念进行测试用例设计，将遗传算法、马尔可夫链模型等应用于测试用例的自动生成，改善软件测试的效果和效率。
（2）软件可靠性工程。在对软件容错技术、软件可靠性计算、设计方法研究的基础上，建立软件可信性综合等级分类和等级评估方法，实现对软件质量的定量度量。
（3）软件估算及度量。基于UML模型，建立软件规模估算、开发进度度量及设计质量度量模型，为软件过程改进提供量化依据。
（4）软件过程改进模型及方法。以我国中小型软件企业为应用目标，以CMM及CMMI为标准，研究低成本、可操作性强的软件过程改进模型及方法。
（5）模型驱动架构（MDA）的实现技术。在MDA框架下，研究软件模型的建立、扩展和变换等方面的技术。
信息系统与数据库方向的主要研究内容：
数据挖掘技术、数据库建模技术、数据库中间件技术、数据库建模新技术。
虚拟现实方向的主要研究内容：环境建模技术，即虚拟环境的建立，目的是获取实际三维环境的三维数据，并根据应用的需要，利用获取的三维数据建立相应的虚拟环境模型；人机交互技术；系统集成技术，虚拟现实系统中包括大量的感知信息和模型，系统集成技术包括信息同步技术、模型标定技术、数据转换技术、识别和合成技术。
本学科自成立以来主持科研项目多项，其中包括国家自然科学基金“软件参数配对覆盖测试集生成的若干问题研究”、教育部高等学校骨干教师资助计划项目“软件容错的智能控制方法研究”、上海市自然科学基金项目“基于组件的软件系统的可靠性计算方法研究”、上海市曙光计划项目“应用软件的可靠性设计和实现策略”，以及企事业单位委托的开发项目等。
学科建立了一套比较完整的课程体系和严格的考核方法。所有的硕士生均顺利按时毕业，毕业论文均达到硕士学位的学术水平要求。毕业生主要在教育部门、政府机构和其他企事业单位从事计算机教学或计算机应用与管理工作。
