复旦大学研究生院成立于1984年11月6日，上海医科大学研究生院成立于1985年1月25日，均为我国恢复研究生教育制度后，全国首批建立的22所研究生院之一。2000年4月复旦大学与上海医科大学合并组建成新的复旦大学，研究生院也合并成新的复旦大学研究生院，由此形成了文、史、哲、法、经济及理、工、医、管理等学科专业门类齐全的综合性研究生培养格局。
学校现有复旦学院、中国语言文学系、哲学学院、历史学系、文物与博物馆学系、外国语言文学学院、法学院、国际关系与公共事务学院、新闻学院、经济学院、管理学院、社会发展与公共政策学院、数学科学学院、物理学系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、信息科学与工程学院、软件学院、光源与照明工程系、材料科学系、力学与工程科学系、生命科学学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、国际文化交流学院、艺术设计系等29个直属院系，设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点24个，博士学位授权学科、专业点153个（其中自设29个，专业学位1个），硕士学位授权学科、专业点225个（其中自设50个，专业学位8个），并设有25个博士后科研流动站。
学校拥有一支高水平的师资队伍。在2400多位教师中，教授、副教授1400余人；全校现有在职博士生导师近1000多人，中国科学院院士27人、中国工程院院士8人。
“复旦复旦旦复旦，巍巍学府文章焕”。以学术为本的复旦大学，尤其重视高层次人才－－研究生的培养。自1978年恢复研究生招生以来，复旦大学共招收学历研究生47213人，其中博士生12435人，硕士生34265人；已授予博士学位7556人，硕士学位29358人。目前在校研究生达16000多人。
复旦大学研究生教育始终以“研究生培养质量”为核心，并致力于营造完善的成才机制和浓厚的学术氛围。在校研究生除积极参加所在教研室或学科专业的科研课题研究以及各类社会实践活动外，还组队参加各种学术交流和竞赛，并多次获奖，在其中得到磨炼并发挥才干，成为学校科研工作中一支重要生力军。
在校研究生可以通过多种渠道获得经济资助：30多种校级研究生奖学金，奖额1000-10000元不等；学校拨出专款试行的研究生“助教、助研、助管”三助工程；各院系设立的专项奖学金；政府拨款与学校自筹资金相结合的困难补助基金；学校协助办理的国家助学贷款等等。学校还致力为研究生提供便利的生活设施和宜人的居住环境，一个大型的研究生公寓群已于2001年9月投入使用。在复旦大学毕业的研究生中，1991年有21人被授予“有突出贡献的中国博士、硕士学位获得者”称号，并有45人先后在九届全国百篇优秀博士学位论文评选获奖。复旦大学毕业研究生正以其深厚的知识素养、突出的实践能力和积极的创新精神，受到用人单位的广泛赞赏和接受。
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