南京医科大学生物化学与分子生物学系是1981年国务院学位办首批硕士学位授权点。2003年被国务院学位委员会批准为博士学位授权点。现为南京医科大学校重点学科，主持“生物化学与分子生物学”校精品课程。江苏省人类功能基因组学重点实验室挂靠在生物化学与分子生物学系。
从上个世纪六十年代起，在徐愤教授等老一辈生物化学家的带领下，在补体研究领域取得了令人瞩目的成就，为学科的持续发展积累了坚实的基础。从“十一五”期间起，学科进一步拓宽研究领域，把糖尿病发病机制研究方向作为本学科发展的重点，尤其在胰腺β细胞功能障碍的分子机制研究领域取得了显著的成绩，形成了鲜明的特色和优势。学系拥有一系列先进的分子生物学及功能基因组学研究的技术和仪器设备，具有良好的实验条件和坚实的研究基础。目前，该系的主要研究方向为糖尿病发病机制研究，胰腺β细胞生长发育调控的分子机制研究，神经系统损伤修复的信号转导研究。每个方向目前均承担国家自然科学基金等项目的科研任务，包括科技部 973课题1项，科技部新药重大专项1项，国家自然科学基金面上项目和青年基金项目9项，教育部科学技术研究重点项目1项，省科技厅国际合作项目1项，省科技厅自然科学基金重点招标项目，1项省科技厅自然科学基金2项，江苏省卫生厅招标项目1项，省高校自然科学研究计划自筹经费项目1项，在研课题总经费达1000余万元。近5年来，以第一完成单位在国际学术刊物发表SCI论文40多篇，影响因子5以上5篇。近年还获得江苏省科技进步二等奖一项以及中国专利一项。
全系现有教师16人，其中高级职称7人，讲师9人，技术人员3人，博士生导师2人，硕士生导师2人。教师队伍中有博士学位的10人，教师已普及硕士学位，4人博士在读。
生物化学与分子生物学系非常重视研究生的培养，已毕业10位博士研究生和20多名硕士研究生，这些毕业生分别工作在国内外科研机构、大学、医院、政府部门和医药企业，就业率100%。
该系每年承担本校研究生和本、专科学生的大量教学任务：其中包括本、专科生理论课840学时，实验课2750学时；研究生理论课50学时，实验课80学时；七年制临床医学硕士理论课240学时。本科生双语教学内容已达10%，硕士研究生接近25%.该系教师凭借多年丰富的教学经验，编写了供不同层次学生使用的多种专业教材。包括主编和参编高教出版社《研究生分子生物学》（2006），人卫出版社《生物化学》（第七版，本科教材，2006），东南大学出版社《生物化学与分子生物学》（2007），科学出版社《医学分子生物学》（2008）等。曾荣获2002年省教育厅颁发的优秀研究生教学奖。
该系还积极开展对外交流和合作，已接受国外访问学者6名，并分别与美国匹茨堡大学，宾州州立大学，希望城国家医学中心糖尿病研究所、法国医科院内分泌实验室以及法国科学研究中心胚胎发育实验室、弗吉尼亚大学医学院等建立了国际合作关系并开展国际交流合作项目。
本学科的特色是注重基础与临床的结合，并与国际上先进的糖尿病实验室密切合作，以保证在信息及技术上的领先优势。
