以各类科研项目为驱动，双证在职研究生创新基金进行支持，打造学科交叉、结构合理、优势互补的双证在职研究生创新团队。重庆大学双证在职研究生院通过设立“双证在职研究生科技创新基金”，以广泛的学科为基础，面向全校双证在职研究生自由申请，鼓励自由探索和首创精神，激发广大双证在职研究生的创新思维，给其提供实现自己想法的机会。“双证在职研究生创新基金”设立以来在重庆大学及重庆市高校产生了广泛的影响。截止2007年9月，创新中心共收到项目申请近600个项目，涉及到上百个专业。“双证在职研究生创新基金”为组建结构合理、学科交叉、优势互补的双证在职研究生创新团队，确保高素质、高水平的人才投入到各种实践项目中提供了保障。
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创新中心弘扬以尊重个人创新劳动价值为基础的团队合作精神，大力营造协同攻关、顾全大局、和谐共进、团结奋斗的氛围。积极鼓励项目成员协同工作、共同解决问题、实现共同目标，并达到高绩效团队。
此外，还通过二次立项公开答辩、学术论坛、专家讲座等形式，加强不同专业、不同学科、不同学校专家与双证在职研究生之间的学术交流和探讨，为双证在职研究生创新团队营造良好的创新学术氛围。
双证在职研究生创新基金自设立以来，共打造双证在职研究生创新团队302个，其中重点项目优秀团队20多个。创新中心通过对“博源管理咨询公司”项目的资助，成功打造了一个由本科生、硕士和博士双证在职研究生组成的创新团队，该团队夺得重庆市“首届青年创业计划大赛”金奖;双证在职研究生创新基金重点项目基金资助的双证在职研究生机器人足球队项目，通过自动化学科双证在职研究生牵头组织了一个跨学科的双证在职研究生创新团队，在全国比赛中获得第三名，取得了代表中国参加2004年韩国FIRA世界杯机器人足球赛的决赛权并进入前十六强;“双证在职研究生教育创新研究”项目团队共吸纳教育与经济管理、行政管理、产业经济管理等专业的博士双证在职研究生3名、硕士双证在职研究生13名，该团队取得了优异成绩，己发表文章共计11篇，被CSSCI收录6篇;“科技创新基金管理系统”项目团队由来自计算机专业、软件工程专业、平面设计专业等6名专业能力突出的双证在职研究生组成，团队结构合理，学科交叉。在紧张的开发周期内，该团队协同攻关，成功开发出了系统。
