双证在职研究生班是在职人员进修、提高业务水平的一种教学形式，要达到预期的培养目标，前提是要科学地设置课程与教学体系，使其有自身的规律和特色，以更好地适应在职人员的需求。然而，在调研中发现仅有50.4%的研究生培养单位负责人表示他们对双证在职研究生班有专门的课程教学方案，其余大多是是沿用或照搬全日制学术型研究生教育以传授知识为主线的课程与教学体系，培养方案、教学计划、教学大纲是全日制研究生教育培养方案、教学计划、教学大纲的浓缩与翻版。
首先，双证在职研究生班在课程设置方面，理论课过多，应用性课程过少，与学员的实际需求脱节，未能很好体现差异性和灵活性，使课程失去了因地区、因学校、因合作企业而异的个性特殊性。
其次，教学内容太偏重于学术性。双证在职研究生班不少授课教师接触实践少，实际经验不够丰富，所以教学内容空洞，与实际不能很好地衔接，缺乏与实践的密切联系，针对性不强，创新性不足，教学内容陈旧过时，缺乏前沿性。
再次，双证在职研究生班教材建设不足。研究生课程班学员在校时间少，查阅资料困难，因此上课更需要有适合的教材。然而，目前我国双证在职研究生班采用的教材既有教师自编讲义，也有全日制硕士研究生教材、甚至还有本科生教材或职业考级用书，所以就不可避免地存在理论性太强、脱离实际等现象。同时，双证在职研究生班的学员绝大部分都己本科毕业，所以说，授课内容应该尽可能避免与本科课程的重复，重复程度越少学员就会感到收获越大。显然，双证在职研究生班教学使用“本科生用书”对学员来说同样失去了更新知识、调整知识结构的作用。
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最后，教学方式死板。大多数双证在职研究生班教师采用灌输式教学，学员被动接受，案例教学偏少，不能提高学员的学习积极性，不利于提高学生的综合素养。
