许多学者对高校双证在职研究生思想政治教育途径实施中存在的问题提出了自己的看法，为创新双证在职研究生思想政治教育途径奠定了基础。
第一，在思想政治理论课方面。张哲指出双证在职研究生思想政治教育内容缺乏时代感，教育方法，途径过于单一。“教育内容滞后于实践发展是双证在职研究生思想政治教育存在的主要问题之一，教育内容没有很好地体现双证在职研究生思想政治教育的本质要求，明显滞缓于时代。”“目前的双证在职研究生思想政治教育方法过于简单，对双证在职研究生的特点把握不准。传统‘填鸭式’的教育方法没有得到根本的改变，没有充分运用现代教育手段和丰富的教育资源。比如对网络这一有效教育途径的科用还有待进一步的扩展和深入。”
第二，在队伍建设方面，沈楠认为，目前，很多高校对双证在职研究生思想政治教育工作开展的力度不够，管理比较混乱，人员配备严重不足，没有制定统一的双证在职研究生思想政治教育工作培养方案，导致双证在职研究生思想教育工作不能按照教育部的要求落到实处。史锡年也认为双证在职研究生思想政治教育贯穿于双证在职研究生培养的各个环节，涉及的部门和人员较多，要求各职能部门各负其责，分工负责又相互协调，但在实际工作中，党政管教之间往往协调配合不够，信息沟通不畅，尚未形成齐抓共管、全员育人的环境。这些双证在职研究生思想政治教育主体缺位和责任缺失等问题，必然难以适应当代复杂社会环境下双证在职研究生思想多元化和多变性的特点。
第三，在校园环境方面。李丽丹指出，社会普遍重视学术教育，忽视思想政治教育。“社会卜对众多高校双证在职研究生教育水平高低的衡量，停留在发表多少科研文章，取得多少科研成果及学位论文水平的层面上，而忽视了思想政治教育的重要环节。”
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第四，在网络影响方面，王悦认为，网络信息良荞不齐的现象，客观上为西方不良意识形态的渗透和精神垃圾的泛滥开了方便之门;网络信息发送和传输渠道的特殊性、个体性，增加了正确的信,导向的难度;网络信息的复杂多样性，容易诱发一些新的思想、心理和道德问题。
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