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谢谢悟空邀请。
其实这个问题，由北大医学部的学生来回答更为准确。作为局外人，只能简单的谈谈自己的浅见，欢迎给位批评指正。
在我们县，前几年就有过学生被北大医学部录取后选择复读的，原因是当时学校引导学生选择，毕竟北大医学部也是北大，学校有几个被北大录取后可以提升学生的招生（尤其是多年没有考入北大清华的高中）。在网络的报道中，不少地方学生考入清华或北大后，学生和班主任也会有现金的奖励。
2000年4月3日，原北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学，当年5月4日，原北京医科大学正式更名为北京大学医学部，算是北京医科大学的回归。真要说区别的话，比如：
北大医学部是北大的一部分，属于几个学部之一。
地理位置上，2个校区不在一起，不过医学部大学一会在北大本部生活学习(护理学和医学检验技术专业除外)。
招生上，医学部独立于北大单独招生，投档录取线会低一些。
医学部的毕业证和学位证，都是北京大学，都是北大校长签字。
课程上医学部的学生可选修本部专业的双学位。
...
在选择上，个人的建议得想明白是不是喜欢医学类的专业，毕竟达到北大医学部的分数可选择的院校或专业太多。学科兴趣对于后期的学习、工作都帮助很大，硬要为上北大而选择不喜欢的医学类专业不值得。
希望对你有所帮助:(
以上内容由考研网友：帅小西De发布
嘿嘿嘿，这个问题我会。
因为我是本部的，我妹今年考上了北大医学部，所以两边都比较了解一点。
首先呢，这俩是一个学校，北大医学部是北大的一部分。
入学军训，第一年上课，都是在北大本部。包括校园卡，图书馆什么的，都是一样的。
其次呢，医学部又相对独立。
医学部前身是北京医科大学，被北大吸收之后变成了医学部。
然后医学部就在本部的附近，大二以后医学部就迁回去自己那块上课了。
但是还是可以随时来本部，进图书馆，进食堂，去百讲什么的，跟本部学生一模一样。
其实这种情况在北大挺常见的，也不是只有医学部一家。
主要是有很多学院自身的实力就很强，单拿出来也很厉害，所以时不时的学生老师会特别强调一下。
所以常能听到，我北大光华的，我北大元培的，我北大法学院的，我北大青鸟的各种讲法。
以至于外面人有误会，觉得北京大学XX学院，是不是跟好多三本的命名方式一样，XX大学天津学院之类。
其实，就是一家，本质上就是大学本身和一个系的关系，
谢谢，希望对你有帮助。
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以上内容由考研网友：律茶派发布
区别很大，北京大学和北京大学医学部是两个招生代码招生，每年的录取分数线不一样，北京大学医学部不招文科生。每年的招生计划都是独立，不是总计核算。以今年录取分数线为例，北京大学理科在北京提档线是686分，北京大学医学部的提档线是668分。相差十几分。
但是，北京大学和北京大学医学部对于中学的意义是一样的。也就是说，一些示范高中在统计学校的升学率，北京大学和北京大学医学部都算被北大录取。
记得有一次，有个高考考生不想学医学，高考志愿想填报上海交通大学，学校的领导和班主任连番劝说，让这个考生报北京大学医学部。后来，这个考生报考了北大医学部，最终被录取。学校在对外发布自己升学率的时候，被北大清华录取的考生中，就有这个考生。
北大本部和北大医学部不在一个地方，但每年开学典礼，医学部和本部的学生是在一起的。
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北京大学医学部属于北京大学一部分，北大医学部原名为北京医科大学，后归属北大，成为其医学部。北京医学部还有附属的北大医院、北医三院等三甲医院。
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2000年，原北京医科大学合并到北京大学，组建为北京大学医学部。这次合并，其实是兄弟间的久别重逢，北京医科大学的前身北京医学院，原本就是北京大学的一部分，只不过在1952年的院系调整中被独立了出来。
有北京大学顶级IP的加持，北京医科大学的发展自然更加顺风顺水；而北京大学兴许也没料到，这次合并居然给带给自己一个诺贝尔医学奖的校友——屠呦呦正是毕业于北京医学院，合并之后，屠呦呦自然也就成了北京大学的校友。于是，北京大学成了解放后国内唯一培养出诺奖（自然科学）学生的高校，在与清华的诺奖之争中，率先拔得了头筹。
不过，合并之后，北京大学医学部仍然以单独的招生代码进行招生，也就是说录取分数线和北京大学不一样，通常要低30分左右。这也不奇怪，国内许多大学的医学部都采取单独的招生代码，因为医学部里有些专业，比如“预防医学”“药学”“护理学”“医学英语”，录取分数线通常高不起来。为了避免高分考生被迫调剂到这些专业，同时也让学校的录取分数线更好看，就给医学部设定了单独的招生代码。
也正因此，有的中学，会劝说部分原本上不了北大本部的高分考生，报考北京大学医学部，以增加学校的清华北大上线率。但入学之后，发现专业不是自己想学的，往往给自己带来很大的苦恼。所以报考北大医学部，应该以自己的专业兴趣来定，切不可为了北大的名校光环而盲目报考。
最后，得明确一下，虽然北大医学部有单独的招生代码，但人家确确实实是北京大学的一部分，毕业以后颁发正规的北京大学毕业证！
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