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你好！很开心回答你的问题。
研究生可以被这两所大学录取，就业不会有太大问题。比较两所含金量更高？取决题主报考专业，
研究生阶段是专才教育是对某个方向深入研究（前提上医学实力差不多）。从对比中得出答案：
整体实力
国内医学类排名
整体上来看，北京大学医学部与北京协和医学院不相上下
（只是医学类并不是综合实力）都是国内顶尖大学、世界高水平院校。北京协和医学院排名靠前一点医学类中比较热门的为临床医学、口腔医学、麻醉学
临床医学：
北京大学医学部临床医学是优于北京协和医院的（
相差不多）可以视为同等实力口腔医学
北京大学医学部口腔医学排名是高于北京协和医学院的
护理学
护理学是北京协和医院的优势专业
（学科评定为A-），就要优于北京大学医学部（学科评定为B+）以上只是个别专业对比，北京协和医学院整体上实力上是优于北京大学医学部的而且近几年医学类排名是第一。不知题主什么专业，从整体上来看个人推荐北京协和医学院。
如果有什么问题，请留言我会认真解答与你共同探讨。希望我的回答可以帮助到你！！！
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