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这是个医学学硕和专硕的区别、未来科研为主还是临床医疗为主及重点大学与普通大学选择的问题，需要根据你自己的发展规划和职业兴趣来决定。
学术硕士和专业硕士
我国当前的研究生培养授予学位分两大类，一类是科学型硕士或叫学术型硕士 ，一类是专业型硕士。从字面上就能看出来，这两类培养方向不一样，学术型硕士以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养科研人才为主，授予的学位是学术型学位，一级学科13大类均有；专业型硕士是与学术型硕士相对而言的，以专业实践为导向，学术型与职业性紧密结合，目的不是从事学术研究，而是从事具有明显职业背景的工作，培养的是适应职业需求的应用型高级专门人才，如工程师、医师、教师等。目前设40个大类，其中包括临床医学、口腔医学、公共卫生硕士、 护理硕士 、药学硕士、中药学硕士6个医学类的专硕。
具体到医学领域而言，主要有以下几个方面的区别：1.培养目标- 医学学术型硕士侧重于医学学术理论水平和实验研究能力，不仅要求德才兼备，而且要富于创新和合作精神，能够具有医学方面坚实的基础理论和专业知识，了解医学及相关研究领域的国内外学术研究现状及发展前沿和方向，具有严谨求实的科学态度、较强的分析和解决专业问题的能力，能够具有科研思维与设计及较快查阅相关资料的能力等等，具体到各二级甚至三级学科具体的要求都有所不同。
- 医学专业型硕士只有临床、口腔、护理等6种，侧重学生实践应用能力。以临床医学为例，其培养目标从思想品德、职业道德、基本知识、基本操作能力、科学思维等都有相应的要求。其中，区别于学硕的最主要特点是要求学生具备较强的临床实践能力，以及良好的表达能力和沟通能力，能独立、规范地承担临床专业常见多发疾病的诊疗工作
- 医学学术型硕士面向医疗科研机构或医学院校，主要以理论课程学习和导师指导的方式进行学习，培养侧重点在学术理论、实验研究和科研思维及科研能力训练上，培养地点主要是在医学院校。基础医学类的学硕是以研究基础的生理学、病理学、免疫与遗传学等基础医学科学知识的，一般不在临床医学院培养，主要在学校。
- 临床医学专业硕士面向临床一线，主要通过与住院医师规范化培训结合来培养，由学位授予单位和培训基地共同开展教学，基本上是在临床医学院以住院医生的角色，采用理论学习、临床轮转与导师指导相结合的方式，以临床全科轮转为主，按照住院医师规范化培训内容与标准进行进行学习，同时重视研究生课程学习、以及临床研究能力和教学能力的全面培养。
- 临床医学专业硕士就业方向一般倾向于医院，毕业后大部分的学生基本上是选择云医院当医生，从事临床一线医疗救治工作。
- 医学学术硕士就业方向比较宽泛，有选择继续读博，深入医学研究的，也有选择去科研院所或医药企业从事实验研究工作，还有的选择去高校做医学教师的，就业的方向一般以从事医学科学及相关研究为主。
- 需要注意的一点：学术型硕士毕业后不能以学术研究生学位去考取临床医学执业资格证，也就意味着此时的研究生学历不能作为职业医生的依据。
《医师资格考试报名资格规定（2014版）》自2014年3月18日公布施行，依据此规定\"学历审核\"内容如下：
学历的有效证明是指国家承认的毕业证书。基础医学类
、法医学类、护理（学）类、医学技术类、药学类、中药学类等医学相关专业，其学历不作为报考医师资格的学历依据。
基础医学与临床医学的异同
根据你目前的情况，同时还面临的是基础医学与临床医学学科的选择问题，事实上，这两个学科既有区别，也有联系。
1.二者的联系：这两个学科从大的分类来说都属于医学学科，在医学研究生教育中都是非常重要的学科。基础医学是临床医学的基础学科，在临床医学研究的不断发展中，为临床疾病诊断和治疗奠定了坚实的理论基础和实验基础。临床医学的研究发展会反过来推动基础医学的研究进展，基础医学研究一般是实验室研究居多，研究结果能否应用于临床或能否揭示出疾病的本质，需要通过临床医学研究才能得到进一步的深入研究和最终确定，进而来验证基础医学研究的真正有效性。
2.二者的区别二者在研究对象、研究方法和结果获得上都有所不同。
- 研究对象
- 研究方法
- 结果获得
基础医学研究会获得深厚的自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识及较强的医学实验能力，未来你的科研创新能力会比较强。临床医学专业学习会获得扎实的临床知识和基本能力，未来你可以独挡一面，成为一名优秀的临床医师。
重点大学和普通大学的选择
目前根据你的问题可以判断出你还面临着是985院校还是普通院校的选择问题。
一般而言，重点985的大学较普通大学而言，其综合实力比较强，培养质量也高，国家投入和重视程度也高，对学生个人而言发展的空间和未来选择的机会都比一般普通学校多。对重点大学和普通大学的选择在本科阶段一般是先学校再专业，但在研究生阶段需要根据学校的学科发展实力来选择。
仅从学校选择来说，如果这所985院校的基础医学学科超强，实力雄厚，应该选择去985，毕竟是重点大学。要知道，现在的许多正式单位和重点企业都要求是985或211硕士毕业，一般的普通大学硕士都够不着门槛，985的这块“敲门砖”还是有较强实力的。
因为不知道你所调剂的这所普通大学是哪一所，无法判断其临床医学学科实力如何，建议你查询一下学校的相关资料，如果这所学校的临床医学也不错，也可以选择的。
目前给你的几条建议
1.你目前学的是临床医学，学科基础知识比较扎实，有志进行医学理论科学研究，想成为一名医学科研工作者或科学家，建议去985的基础病理学；
2.如果未来你的职业发展计划是完成硕士学业后继续深造攻读博士，仍建议去985的基础病理学；
3.如果你考研的目的很单纯，就是为了更好的就业，那么选择更注重培养职业素养的临床医学专业型硕士则更占优势。
还有一个重要的问题就是你调剂单位的招生名额，这是需要你详细了解的，毕竟在复试或面试中还有可能被刷掉。根据两所学校的情况要确保自己能被其中一所录取，要考量哪一所的录取成功率要高，以免造成选择失误，两个都录不上，此时的选择更重要。
如果有幸被985的基础学硕录取了，以后还想从医，可以用自己的临床医学本科学历考取执业医师资格，继续从医的。希望我的回答对你有所帮助。
我是医师之道，欢迎关注交流。
以上内容由考研网友：直率雪梨RC发布
病理学是临床医学的基础学科，随着医学的发展 病理诊断学越来越重要，我们国家的病理学基础相对比较薄弱，临床病理学人才也比较匮乏！985高校的病理学学硕是很多人想进却无法达到的！学硕毕业后很容易就能读博，985病理学博士毕业，你就是这个专业里面的顶级专家了，你可以为指导临床医师做出决断，你可以为许多病人的诊断一锤定音！你也可以为病理学的基础研究做出你自己的贡献，基础医学需要你们这样聪明好学又有干劲的年轻人！不知道你说的校外专硕指的是什么专业？如果是病理学专业，你就不需要考虑校外了，反正都是病理专业，学硕会让你的眼界更开阔 理论及研究水平更高 而且毕业以后很容易读博！如果是其他临床专业的专硕，就要看你个人的喜好以及对自己人生的规划了！如果你喜欢当一线医生，也可以选择！在我看来，每一个专业，只要你沉下心来，用心钻研，凭你的聪明才智都会干出一番事业来，都会为解决病人的痛苦而做出你的贡献，只是所在岗位不同罢了！凭我个人喜好，如果能进985，还是去985，不要太在意专业，哪个专业都需要高级别人才！学硕其实是更有利于你以后的发展！专硕只是为临床专业专科培养的专业实用型人才 在研究能力 和进一步发展上是不如学硕的！只是临床上 医院招人的时候 有时候便好于专硕，那也仅限于中小型医院！大医院 学术型医院 还是喜欢学硕及博士的！供您参考！
以上内容由考研网友：汪宗军医生发布
这是人生的非常重要的一个选择，你一定要慎重。
临床专业，最后应当很多都是做医生的。如果你有这样的志向，这样的兴趣，这样的愿望，我想做临床就是你的选择。
当然喽，如果你对临床专业不是特别的向往，那么病理学也是非常好的一个选择。作为医生压力山大，你时刻可能会被困扰，特别是外科医生，我们都有亲身体验。前天的时候，还和别人做了一个髋关节的复位术，去急诊，又不是我当班，只是帮忙，你是上级医生。所以当临床医生使命感要强太多了。
当然喽，如果你选择了病理，可能这以后就是你最终方向了。从病理再转到临床专业的应该不是特别多。
所以我给你的建议一定要慎重慎重的选择。实际上选择的最关键就是你的兴趣，兴趣是最重要的。
以上内容由考研网友：骨科王海彬教授发布
病理人才紧缺，肯定选择病理研究生，以后发展前途光明！
以上内容由考研网友：qsx651014发布
如何选择，要看你今后的发展和就业。
如果今后想当医生，那么肯定是临床专硕更优势一点，少了规培的环节，研究生毕业之后，可以直接去医院当医生。
如果是今后想继续读博士，想当高校老师的话，那肯定是去读985的病理学更好，因为学硕更有直博的机会，而且985的平台会更好，对于今后是当老师还是做病学方面的专家，无疑这个会更好一点。
尤其是985的博士毕业后可以作为人才引进，那么相对的福利待遇是比较好的。也是985的博士可以直接以领导干部的身份进入到公务员的行列，你今后想走仕途也会更好。
如何选择还取决于你今后的一个打算
以上内容由考研网友：班长说中医发布
