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石河子大学的临床医学专业，目前具有非常强大的专业实力，已经启动了石河子大学医学院士工作站的建设。它的医学院设有临床医学系，基础医学系，护理预防医学系，病理学系，口腔学系，医学检验系，医学影像学系共8个系，开设临床医学，护理学，预防医学，口腔医学，医学影像学医学检验技术6个本科专业，其中国家级特色专业是临床医学专业。
学校的基础医学，临床医学，护理学三个学科设有一级学科硕士点，临床医学硕士，护理硕士和口腔医学设施三种设施专业学位类别。拥有理学与病理生理学，生物化学与分子生物学，生理学，神经生物学，人体解剖与组织胚胎学，流行病与卫生统计学，社会医学，卫生事业管理，免疫学，病原生物学，外科学，内科学，儿科学，老年科学，神经病学，精神病与精神卫生学，皮肤病与性病学，影像学与核医学，临床检验诊断学，妇产科学，眼科学，耳鼻喉科学，肿瘤学，康复医学与理疗学，急诊医学，麻醉学法，医学，医学生理学，医学，分子生物学，运动医学，临床病理学，重症医学，医学社会学，医学心理学全科医学34个硕士学位授权点。
石河子大学的医学类的研究生第一志愿的考生要按照当年全国硕士研究生招生成绩的基本要求，调剂考生初试成绩符合第一志愿报考专业，在调入地区的全国初试成绩基本要求，具体的学科调剂分数线划定了具体的规定，要求调剂考生的选择，综合考虑毕业院校，志愿报考学校，考分择优录取，同等条件下优先考虑英语六级，执业医师通过者，获得各类国家级，省级竞赛奖，发表论文学术的作者，总之是非常严格的，它坚持的原则是\"按需招生，宁缺勿滥“。所以你必须要品学兼优，才能够有录取的可能，它的口腔医学，公共卫生，护理三个专业还不接受调剂的学生，而且对外语的成绩都有严格的规定。
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