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从学校名气说厦门大学更好，但是不专业，南京的是专业双一流专业，还得看地域，如果你是福建的就去厦门，南京及周边的就选南京
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学中医本人觉得，应该安徽凤阳府的好！
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下面先对两所院校医学专业办学实力进行一下比较：
南京医科大学
南京医科大学，位于南京市，由教育部、国家卫生和计划生育委员会、江苏省共建，是江苏省属重点建设大学。
南京医科大学拥有临床医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学一级学科博士点和博士后科研流动站。
南京医科大学，在教育部第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学一级学科获评A+级，临床医学、口腔医学、基础医学一级学科获评B+级。
厦门大学
厦门大学拥有临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学一级学科硕士学位授权点。
厦门大学，在教育部第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学一级学科获评B-级，基础医学一级学科获评C+级，临床医学一级学科获评C级。
点评：
一、教育部第四轮学科评估中，对每个参评学科分成三档九级，即A、B、C三挡，九级由高到低为A+、A、A-，B+、B、B-，C+、C、C-。
二、厦门大学是211、985、双一流A类高校；南京医科大学是普通高校。
三、医学专业属于临床医学、口腔医学、基础医学、公共卫生与预防医学一级学科范畴。2017年教育部第四轮学科评估中：南京医科大学，公共卫生与预防医学一级学科获评A+级，临床医学、口腔医学、基础医学一级学科获评B+级。厦门大学，公共卫生与预防医学一级学科获评B-级，基础医学一级学科获评C+级，临床医学一级学科获评C级。南京医科大学学科实力强。
四、南京医科大学拥有临床医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学一级学科博士点和博士后科研流动站；厦门大学拥有临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学一级学科硕士学位授权点。南京医科大学办学层次高。
笔者建议：题主如果以院校优先的话，就选厦门大学（985）；如果以专业优先的话，就选南京医科大学。
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南医吧
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个人倾向南医大。
理由就不多说了。
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