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二本的制药工程专业考研好，还是工作好，就你提出的这个问题，没有标准的统一答案。因为制药工程专业分为化工制药，中药制药和生物制药等专业方向，具体的要看你属于哪一个专业方向的制药工程的本科生了。
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总体来说，制药工程专业的毕业生就业的形式还是比较乐观的。在我国的高等院校中，华南理工大学，北京大学，中南大学，西安交通大学，吉林大学，重庆大学，北京化工大学，沈阳药科大学，中国药科大学等院校的制药工程专业倾向于化工药物合成的专业方向。北京中医药大学，上海中医药大学，天津中医药大学，黑龙江中医药大学，陕西中医药大学，湖南中医药大学成都中医药大学武汉中医药大学等院校的制药工程方向侧重中药制药专业方向。中国科学院大学，清华大学，四川大学，华中科技大学等院校的制药工程专业则倾向生物制药专业方向。还有不少院校把化妆品的研究与开发也纳入了制药工程专业领域。因此，就你所提出的问题，因不同的专业方向有不同的选择和回答。
总而言之，如果你是普通二批本科大学的制药工程专业的毕业生，如果在你的人生职业生涯发展规划中，把继续攻读硕士研究生，博士研究生，作为自己的人生职业生涯发展规划，并且你所在院校的制药工程专业没有强大的竞争力，你就可以选择继续学习，继续深造，继续提高，继续发展。
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