中医学院前身是内蒙古医学院中蒙医系，成立于1958年，是全国西医院校中设置中医学专业较早的系部之一。2004年9月经上级批准更名为“中蒙医学院”；2006年12月中医和蒙医分为2个学院，成立了“内蒙古医学院中医学院”。
建院（系）以来，一直以中医本科教育为主，并积极发展研究生教育（83年开始招收硕士研究生）及成人教育，是内蒙古自治区培养中医药高级人才唯一的教学基地。50多年来，已为省内外培养出中医药高级人才近3000余名，多数已成为各级医疗、科研、教学、管理岗位的学术带头人和业务骨干。
学院目前设中医基础学、中医临床医学、针灸推拿学3个系，设置中医学、针灸推拿学2个本科专业及中西医结合、中医养生康复2个本科专业方向；中医学专业于2011年成为硕士学位授予一级学科。17个教研室，1个实验中心，1所附属中蒙医院，17所临床实习医院。在校全日制本科生近千名，硕士研究生30余名。
目前学院有在编教职工76名，其中专业教师64人，教辅人员8人，行政管理人员2人，工勤人员1名。教师队伍中具有高级职称人员40人（教授人24，副教授16人）中级职称9人，初级职称16人，实验人员8人，兼职博导2人，硕士生导师30人；具有博士学位者4人；硕士学位者16人，在读博士3人，在读硕士4人；2名教授被授予自治区有突出贡献的中青年专家，2名教授被评为自治区医疗卫生学术技术带头人；有10几名教师在各级中医药学会任职，2名321人才工程第二层次。
中医学专业于2007年被评为自治区品牌专业，“中医诊断学”于2007年被评为“自治区精品课程”，2008年中蒙医临床模拟中心被评为自治区实验教学示范中心，中医内科学于2010年“自治区精品课程”，针灸推拿学于2011年被评为“自治区品牌专业”，2011年，一名校级教学名师，一名校级优秀主讲教师，一个校级优秀教学团队，10个校级精品课程。
我院一贯重视本科教学质量与效果，以科研促进教学，勇于实践与创新，现有国家级课题4项，省部级课题29项，科研经费已达到236.4万元。历届毕业生深受用人单位的好评，不少学子在中医学界已具有较大影响力。
近10年我院应届毕业生每年的考研录取率均在30%左右，居全校第一；毕业生首次就业率达80%以上，在同类院校中名列前茅。
我院与国内各中医药院校及部分西医院校开展广泛交流，建立了经常性的往来和联络，借鉴各校办学经验，取长补短，努力使中医学院成为内蒙古自治区中医药一流人才的培养基地，为加快建设有中国特色的中医药卫生保健体系、构建和谐社会做出应有的贡献。
