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(一)学习年限较长
不能将所要学习的知识和工作量集中到一个时间，这样就浪费了在职研究生双证考生学习和工作的时间和精力，对导师来讲也是一种煎熬，对所在学校也是一种资源浪费。尤共是对于博士而言，博士研究生一般都是3年毕业，而在职博士研究生平均都会5-6年才毕业，有的拖到8年才勉强毕业，甚至有的博士由于实在无法完成博士研究生的学术要求而放弃毕业。
(二)专业基础参差不齐
由于在职研究生双证考生来自不同的专业和不同的领域，年龄也差很多，这给授课老师增加了很人的难度。众口难调，参差不齐的基础也影响了在职研究生双证考生的质量。有的是属于单位的技术骨干，读研是为了更好地完善自身的理论基础，为了能够更好地用于指导自己从事的工作;有的是属于行业的管理人员为了补充管理理论;而有的则就是为了拿到文凭。这暴露了很多非专业基础人员读在职研究生双证考生给研究生教育教学带来很多困难的实际情况。
(三)目的性与专业基础不匹配
在职研究生双证考生由于都是采用半脱产的学习方式，所以会因为工作牺牲很多学习和科研的时间，自己的理论知识也没有得到加深，很人程度上是在单位学校两头跑，浪费人力物力财力。很多人学习动机和态度不一，参加在职研究生双证考生的人都希望很快就拿上学历和学位，目的性很功利，比如为了评职称或受社会“文凭热”的影响。年龄跨度一也人，学习目的复杂。在职研究生双证考生的年龄一般来说在25一50岁之间不等，这种巨人的年龄差异在学习上就会出现理解接受能力之间的差异问题。此外，由于学员的年龄差别较人，在知识水平和现代信息技术掌握能力上存在差异，因此，对学员专业基础情况的掌握以及这些相应课程是否采取分层次教学都应当给予足够的重视。
(四)学校无法对在职研究生双证考生进行有效的管理和进行学习过程监督
这个问题的根源共实就是教育资源不够。每个人学都不可能只包含在职研究生双证考生，还是以本科生和全日制研究生为主，所以在学校的日常工作中，侧重点也不可能在在职研究生双证考生身上。这样就产生了对在职研究生双证考生的要求低的现象，学校也根据在职研究生双证考生的特点和性质出台了很多相关的软政策。同时近年来，全国研究生招生数量平均以每年20%的速度增氏，导师同时要带全日制研究生、博士、博士后以及在职研究生双证考生，精力难免分散。这种情况卜，导师很容易放松对在职研究生双证考生的要求。同时师生之间互动较少，对于一些课题经费充足的导师而言，导师不愿意花太多的时间在在职研究生双证考生身上。而且基于科研需要，导师更愿意加强与非定向的研究生进行沟通交流和探讨，从而严重影响了在职研究生双证考生的质量，最后的结果就是“恰好满足”了部分在职研究生双证考生最初的目的—只棍文凭装点门面回去用来升职而己。
(五)学位论文撰写时间不够充裕，质量不能保证
1.调研写作时间不够。由于在职研究生双证考生上学时间安排的特殊性，在学校的时间不能够保证完成论文写作，再夹杂着工作等各方面的原因，论文写作断断续续，思路很轻易就被打断。此外，在职人员没有足够时间去查资料、搞研究，造成写作持续时间氏，质量上不去、
2.师生之间互动较少。随着研究生人量扩招，学术研究领域的持续扩展，使得研究生导师分身乏术，一个导师要顾及很多个学生，使得对学生的学习与论文的指导不够及时。再加上如果在职研究生双证考生不能积极与导师交流沟通学习研究中遇到的问题，很容易使自己处于一种几乎无人指导的状态。
3.在职研究生双证考生自身不够努力。在职研究生双证考生学科背景差异较人，受教育的水平也参差不齐，有许多现在所读专业与自己的原专业、工作都无关，这样容易导致思想上消极懈怠，对与论文写作相关的各个方面没有进行研究探索以解决问题。
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