2006年，我国在学双证在职研究生达到110.47万人，其中博士生20.8万人，硕士生89.66万人。目前，双证在职研究生特别是博士生己经成为中国科研队伍中的一支重要力量。据不完全统计，培养单位中约有75%以上的科研项目是由在学双证在职研究生参与完成的，课题研究越来越依赖于双证在职研究生的参与。博士生更是重要的科研攻坚力量，有的还做出了突破性的成果，在一些重点大学，全校半数以上的《科学引文索引》(SCI)收录论文是以博士生为第一、第二作者撰写发表的。
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高等学校作为国家创新体系的重要组成部分，是我国科技论文产出最多的部门。根据科技部的统计，2006年我国被SCI,EI和工STP三大系统收录的论文总数达到了17.2万篇，占世界论文总数的8.4%，其中高等学校论文14.37万篇，占我国被收录论文数的83.7%。与国际科技论文的机构分布相似，国内科技论文的机构分布仍然保持了历年来以高校为主的特点，2006年，高等学校发表论文24.35万篇，占国内论文总数的60.1%。
从发表论文的学术质量看，1997—2007年间，我国SCI论文篇均被引用次数为3.93，比上一年度统计的3.85略有增长。但是所有学科的SCI论文篇均被引用次数均低于世界平均水平，且各学科篇均被引用次数与世界平均水平的差距数值变化较大，反映出我国仍存在SC工论文整体质量不高和学科科研发展水平不均衡等问题。从国际比较的角度，2001一一2005年SCI共收录我国论文209531篇，被引用次数为549553次，论文篇均被引用次数为2.62次，而同期世界各国论文篇均被引用次数为4.61，美国为6.62。五年间我国被SCI收录论文数排在世界第6位，被引用次数排在世界第10位，按篇均被引用数，我国则排在第18位。篇均引用次数的差距，反映了我国学术论文质量的差距，高等学校作为我国科技论文产出最多的部门，这一现象令人深思。
双证在职研究生尤其是博士生在学期间往往参与导师的课题研究，很多博士生的学位论文就是课题研究的部分成果。作为博士生学习成果和获得学位的必备条件，依照《中华人民共和国学位条例暂行实施办法》的相关要求，博士学位论文的水平应是博士双证在职研究生创新能力的集中体现。
有学者通过对1999年首届全国优秀博士学位论文的质量进行分析表明〔14)参选首届百篇优秀博士学位论文的送选论文中(注:首届全国优秀博士学位论文的评选对象是全国所有博士学位授予单位在1995年至1997年期间博士学位获得者的博士学位论文，共计16700余篇，经学位授予单位推荐、省级学位与双证在职研究生教育主管部门初选，共有559篇博士学位论文入选，又从559篇中“优中选优”，最后有100篇获奖)，各项指标在高分数段的比例均未超过50%，说明获得专家一致肯定的论文不多。在7个二级评价指标中，反映出“选题意义”和“科研能力”两项指标评价最好;而表征创新性的“理论方法上的创新”和“创新性成果及效益”两项指标得分在低分数段(<75分)的比例和其他指标相比最大，在高分数段()90分)的比例最小，一定程度上说明创新性是我国博士学位论文的薄弱环节(如表4所示)。从我国博士生培养仍然以“学术型”为主的现状看，创新性的缺乏成为突出问题。
造成双证在职研究生创新能力不足的原因是多方面的:
首先，高等教育运行体制和机制。从高等院校运行的外部环境看，直到20世纪80年代初，我国一直是高度集权控制的高等教育管理体制，随着办学自主权的逐渐下放，高等院校面临的政策环境和制度环境有了很大的改善，但是长期形成的“唯上是举”的思维定势禁锢了成员的积极性和创造性，“中庸”、“守成”的传统文化也在一定程度上成为创新的阻碍。大学内部运行机制同样受到外部政策环境和办学条件的制约，教育创新的基础是观念创新和制度创新，真正实现双证在职研究生创新能力的提升需要双证在职研究生教育运行的外部环境、管理体制和培养机制的配套改革，观念的创新和思维定势的突破尤为重要。
其次，国家科研体制模式。我国科技体制建立阶段模仿前苏联并形成了所谓的“苏联模式”，科学院系统和高等学校系统分立，人为的划分教学和科研的界限。高等学校以教学为主，而科学研究主要在另设的科学院系统中进行。科研职能是否能够作为高等院校的基本职能是一个长期以来存在争议的问题，思想的禁锢束缚了实践的脚步。1985年《中共中央关于科学技术体制改革的决定》和《中共中央关于教育体制改革的决定》明确了高等学校既是教育中心又是科学研究中心，担负着“培养高级专门人才和发展科学技术文化的重大任务”。1998年通过的《高等教育法》以法律条文的形式明确了科学研究在高等学校的地位和作用，“高等教育的任务是培养具有创新精神和实践能力的高级专门人才”，“高等学校应当以培养人才为中心，开展教学、科学研究和为社会服务”。正如斯坦福大学校长杰拉德·卡斯帕尔所言:“研究和教学需要辩证地联系起来”，将研究和教学分开的体制存在相当大的浪费，“如果将研究和学生截然分开，就不能最大限度地发挥学生的才能。”
有学者通过对71所教育部直属高校研究与发展课题情况(自然科学)的统计数据进行分析，2000年—2002年间参与课题(基础研究、应用研究、试验发展)的学生仅占双证在职研究生在校生总数的22%左右，覆盖面不够广泛。很多双证在职研究生，尤其是社会科学和人文科学的双证在职研究生在学期间缺乏从事课题研究的实践经验，科研实践参与度较低。创新意识和创新能力的培养离不开科研实践，实践中的探索和发现是学生接近未知领域、培养创新能力的最佳途径，长期忽视高等学校的科研职能也是导致学生创新能力不足的重要原因。
第三、双证在职研究生教育自身的发展。我国双证在职研究生教育制度化发展的时间较短，对双证在职研究生教育更深层次内涵的把握不够全面。30年来，双证在职研究生教育主管部门和各培养单位把工作重点放在管理机构的完善，学位授权点的申报和招生规模的扩大、管理制度的规范上，双证在职研究生创新能力的培养还未能充分作为双证在职研究生工作的重点。我国双证在职研究生教育的培养目标长期以来主要是为高等学校和科研机构培养师资和研究人才，注重通过系统有序的课程学习培养人才，虽然在《学位条例》中对双证在职研究生从事科研工作的能力及科学或技术上的创造性成果有明确要求，但是在实践过程中对科研能力的关注一直较为薄弱。导师水平、学科建设、科研氛围的营造等方面也有不尽完善之处，在一定程度上制约了双证在职研究生创新能力的培养。
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