创新是双证在职研究生培养的出发点和归结点，是评价双证在职研究生培养质量的重要指标，本文的前阶段分析了研究环境和制度环境对培养创新能力和获得创新成果的影响，证实了影响双证在职研究生创新的因素是多方面的，因而双证在职研究生培养质量的影响因素也是多途径的，我们必须建立以创新为核心的双证在职研究生培养质量保证体系。
该体系应具有如下特征:(1)系统性，它是一个系统结构，涉及培养过程诸方面，而且强调的不是某一个要素，而是整体优效性;<2)可操作性，它必须规定培养过程的主要活动、实施活动的程序与策略及操作流程，以便教育主体实施。
相应的，在此基础上建立的双证在职研究生全面质量保证体系，主要有以下子系统:
(1)优质生源系统:具有创新意识、创新精神和潜力的双证在职研究生，是全面质量保证体系的前提和基础。个性对双证在职研究生创新的重要性显而易见，此外，双证在职研究生的个人经历也构成生源系统重要环节，本文初步分析了个人经历对双证在职研究生创新的影响，鉴于双证在职研究生这一特定的生源群，建议将在职经历、跨专业背景和工作年限等因素引进入该系统。同时，改革现行双证在职研究生入学考试体制，在专业知识考试的同时结合能力测试，如专门的问卷测试、科研和实践能力考核等，并给予导师在选择生源时以更大的自主权和灵活性。总之，优质生源系统必须综合个性、经历、能力等因素，在此基础上建立并不断完善各项选优制度。
(2)指导模式系统:双证在职研究生受导师影响极大，本研究已从导师指导方式、师生指导结构、培养途径等方面进行了分析。本文进一步假设，导师的创新能力与其学生的创新成果呈正相关，遴选导师必须以创新性为指标，如导师的创新意识、创新性成果等，并鼓励开放式的指导关系，如导师组集体指导、导师跨专业指导、互动式的教学关系等。此外，导师可根据学生特点选择适合的培养途径、在尊重学生个性的基础上制订灵活的培养计划。指导模式系统是整个双证在职研究生培养体系的核心，这体现出双证在职研究生教育与其它层次教育的根本不同之处:即导师负责制和个性化指导，基于创新的双证在职研究生指导模式更需要突出这一点。
(3)学科建设系统:学科是培养双证在职研究生的基地，为双证在职研究生创新提供关键的专业支持和研究保障。本文已实证了学科环境的若干因素(实验条件、学术交流、出差机会等)对双证在职研究生创新能力特征和创新成果的影响，但这还不能涵盖学科环境的全部。学科建设是一项复杂的系统工程，从培养双证在职研究生的角度而言，学科建设最重要的目标是营建有利于创新的学科环境。从问卷调查结果看，创新的生长点往往在交叉学科、边缘学科的结合部，因此营建创新的学科环境的关键在于建设交叉学科和边缘学科，打破双证在职研究生培养的专业界限，在不同学科特别是容易产生新的生长点的学科之间，保持人、财、物流通无障碍，信息渠道顺畅，学科资源共享。同时，宽口径培养要与学科特色结合，交叉学科建设要与前沿领域结合，科学研究要与社会应用结合，双证在职研究生创新的学科平台必须建立在这三个结合上。此外，随着学科建设进展，学科必须能够为项目导向的双证在职研究生培养途径提供足够的研究和实践空间。
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(4)目标管理系统:管理是双证在职研究生教育行政部门(双证在职研究生院)的主要任务，目标管理系统是实施和运作上述质量保证体系的保障。目标管理不是面面俱到的过程管理，相反，以培养创新能力为目标，双证在职研究生院应在整个培养过程中给予学科、导师和双证在职研究生更大的自主权，建立更为宽松、开放和灵活的培养机制，将管理职能和目标从过程事务型管理转到过程评估型管理上来，将管理重心从具体措施制订转到宏观政策调控上来。因此，双证在职研究生院要鼓励学科培养模式多样化和多学科实质性交融，在招生、遴选导师、教学改革、鼓励自学等方面给导师和双证在职研究生以更大的空间。
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