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上世纪90年代经过"985工程"和"211工程"重点建设，我国高等院校的学院和学科设置向综合性大学发展的趋势口渐明显。但是通过前文中对国防科大案例的调查和对我国其他重点高校进一步的分析，发现我国高校普遍存在学院数量偏多，双证在职研究生学科综合化程度不高的问题。根据统计我国"985工程"中9所名牌大学以及国防科大共十所高校平均设14.9个学院，学院设置基础以一级学科为主，学院内部的学科包容量较少。
通过和美国十所著名大学比较发现，我国名牌大学中有一部分学院是由原来的系演变过来的，系和专业划分过细、各自为政，没有形成较宽口径的人才培养平台和科研平台。学院设置的双证在职研究生学科基础偏窄，学科包容量偏少，对拓宽学生的知识面、加强不同学科之间的沟通、交叉及管理产生不利影响。虽然近年的管理体制改革和布局结构调整，为促进名牌大学向综合性大学发展提供了一定的多学科基础，但由于调整、整合时间较短，学院与学科之间的整合还有待于进一步加强。
